Al terminar Justo la escuela primaria, su madre, Aurora Castro, se opuso a que abandonara los estudios para colaborar con su padre y le brindó todo su apoyó para que ingresara en 1876 al Colegio Nacional de Buenos Aires y posteriormente a la carrera de medicina en 1882.
Mientras cursaba la carrera, ingresó a la redacción de La Prensa, donde escribió crónicas parlamentarias. Allí tomó contacto con el mundo político de la época y sus principales personajes.
En 1888, recibió su título de doctor en medicina con notas sobresalientes. Su tesis de graduación, que contó con la tutoría del doctor Ignacio Pirovano, se titulaba: "Aneurismas arteriales quirúrgicos" y fue calificada por el decano de la facultad de medicina, Dr. Avelino González, como "el estudio más acabado y perfecto que puede hacerse sobre el tema".
El doctor Justo era un gran investigador y un innovador. Introdujo en nuestro país las prácticas antisépticas en las operaciones quirúrgicas y el uso de la cocaína como anestésico. Por sus investigaciones, la Facultad de Medicina lo premió con la medalla de oro, y le otorgó, además, un viaje de estudios por las principales capitales europeas. Tenía apenas 23 años.
En 1890, regresó al país y fue designado jefe de sala del actual hospital Ramos Mejía y profesor de Clínica Quirúrgica en la Facultad de Medicina.
También en el convulsionado año 1890 se incorporó a las filas de la Unión Cívica, que preparaba su revolución contra el gobierno de Juárez Celman. Justo se oponía al uso de la fuerza. Propuso como método de lucha una huelga de contribuyentes y trabajadores. Prefería la resistencia civil no violenta y decidió intervenir en la Revolución del Parque sólo como médico.
Durante su estadía en Europa tomó contacto con las ideas socialistas, y pudo leer y concretar la primera traducción al castellano de El Capital de Carlos Marx, que se publicaría años mas tarde en Madrid. Por ese entonces comenzó a operarse en su conciencia un gran cambio. Así lo cuenta en una carta a un amigo: "Hubo una época en mi vida en que pasaba el día en el hospital con los enfermos, los lisiados, los inválidos, las víctimas variadas de la miseria, de la explotación. ¿Valía la pena empeñarse tanto en conservar esas vidas, fatalmente condenadas a un vil sufrimiento? Gradualmente comprendí que había mucho de estéril e indigno en mi tarea, que aquello tenía algo de fanático y unilateral. ¿No era más humano ocuparse de evitar en lo posible tanto sufrimiento y tanta degradación? Y pronto encontré en el movimiento obrero el ambiente propicio a mis nuevas y fervientes aspiraciones”.
Con este estímulo y sus convicciones por delante, en abril de 1894 fundó junto a un grupo de compañeros de ideas entre los que se contaban Augusto Kühn, Esteban Jiménez e Isidro Salomó, el periódico socialista La Vanguardia. Para afrontar los gastos vendió el coche que utilizaba en sus visitas de médico y empeñó la medalla de oro que le había otorgado la Facultad de Medicina. Justo escribía en el primer editorial de La Vanguardia: "hay que construir una alternativa política al pillaje y la plutocracia. Los Pereyra, los Unzué, los Udaondo, tan ricos que no tendrían por qué robar, son hoy los preferidos para los altos puestos públicos por los otros ricos, cuya única aspiración política es que sus vacas y ovejas se multipliquen sin tropiezos”.
En 1895, viajó a los Estados Unidos. A su regreso publicará dieciocho notas en La Vanguardia referidas a sus impresiones sobre el país del norte. En la primera de ellas dice que "es en Norteamérica donde el capitalismo se desarrolla hoy más grande y más libre. Es aquí pues donde conviene estudiar su evolución”.
El periódico La Vanguardia se había transformado en el ámbito natural de reunión de los socialistas de Buenos Aires. Fue creciendo la necesidad de crear un partido propio que expresara estas ideas y las llevara a la práctica. Así nació en 1896, bajo la inspiración de Justo, el Partido Socialista, que proclamaba en su carta orgánica: "El Partido Socialista es ante todo el partido de los trabajadores, de los proletarios, de los que no tienen más que la fuerza de su trabajo; las puertas del partido están, sin embargo, abiertas para los individuos de otras clases que quisieran entrar, subordinando sus intereses a los de la clase proletaria. Lo que es importante es patentizar nuestra independencia de todo interés capitalista o pequeño burgués".
Justo jamás se definió como marxista. Decía en una conferencia años más tarde: "Necesitamos y debemos saber más que Marx en materia histórica y social. Marx nunca fue marxista. Era demasiado genial para suponerse fundador de una nueva doctrina que habría de llamarse marxismo, como se llama cristianismo al sistema de instituciones eclesiásticas que provienen o dicen provenir de Cristo".
Justo adhería a la corriente socialista iniciada por Eduardo Bernstein conocida como "revisionista", ya que se proponía revisar las ideas de Marx y Engels a la luz a los acontecimientos posteriores a la publicación de los libros básicos de los padres del socialismo científico. Estas ideas de Justo se asemejaban a las de una de las figuras más notable del socialismo de la época, Jean Jaures -con quien tomó contacto en Copenhague en 1910 durante un congreso socialista y a quien invitó a viajar a Buenos Aires-. Jaures se oponía a la acción violenta y proponía la organización metódica y legal de sus propias fuerzas bajo la ley de la democracia parlamentaria y el sufragio universal. Decía textualmente: "No es por el hundimiento de la burguesía capitalista sino por el crecimiento del proletariado por lo que el orden socialista se implementará gradualmente en nuestra sociedad".
El debut político del Partido Socialista no fue muy auspicioso. Ocurrió en ocasión de las elecciones legislativas del 8 de marzo de 1896. El primer candidato a diputado fue el propio Justo y obtuvo 138 votos. Como comentara algún socialista de entonces, "ni siquiera nos votaron todos nuestros parientes”.
En 1899, Justo se casa con Mariana Chertkoff, una joven inmigrante rusa de origen judío. La pareja se instala en Junín, donde residirá hasta 1904. Ese año será muy importante para el Partido Socialista. Será electo por el barrio de La Boca el primer diputado socialista de toda América, el doctor Alfredo Palacios. Este hecho y la designación de Justo como profesor titular en la Facultad de Medicina de Buenos Aires, provocan el traslado de la familia a dicha ciudad.
En 1905, funda junto a otros once compañeros del Partido la Cooperativa de consumo crédito y vivienda "El Hogar Obrero".
El año 1909 estará signado por la lucha obrera, huelgas de los anarquistas, actos socialistas y la represión del Estado reflejada en la matanza de obreros en la Plaza Lorea el 1º de mayo. Tanto los socialistas como los anarquistas repudian el hecho y declaran la huelga general, solicitando la renuncia del Jefe de Policía de la Capital, coronel Ramón Lorenzo Falcón. El gobierno de Alcorta hace caso omiso a los pedidos obreros y confirma a Falcón en su cargo. Pocos meses después Falcón morirá en un atentado perpetrado por el joven anarquista ruso Simón Radowitzky. En ese año tan particular, Justo, que había repudiado la represión policial declarando: "Este es un país civilizado con un gobierno bárbaro", publicará su obra más destacada: Teoría y Práctica de la Historia. Jean Jaurés en ocasión de su visita a Buenos Aires, tomó contacto con el texto y se lo llevó a París para publicarlo en Europa.
Justo nunca hablaba de su vida privada y sólo una vez lo hizo por escrito en su columna del diario La Nación definiéndose así: "Soy el más vulgar de los hombres. Si alguno de los héroes de Cervantes figura entre mis antepasados, es seguramente Sancho. Me gustan las mujeres hermosas, pero menos para cantar la belleza de sus formas, que porque prometen una prole sana y vivaz".
1912 fue un año muy particular para Justo. Muere su esposa Mariana dando a luz al séptimo hijo de la pareja. Profundamente afectado el líder socialista se mudará a una casona del Barrio de Belgrano donde su madre, doña Aurora, se encargará de la crianza de sus hijos. En ese año 1912, en el marco de la limpieza electoral impuesta por la Ley Sáenz Peña, es electo diputado nacional. En el parlamento se destacará como orador y por la cantidad de proyectos presentados, casi todos ellos vinculados a los derechos de los trabajadores.
Mientras tanto en Santa Fe se produce la revuelta de los chacareros de la pampa gringa que protestan por los altos precios de los arrendamientos rurales y los altos intereses que les cobran los bancos por los créditos que solicitan para producir. La protesta pasará a la historia como el "Grito de Alcorta", en referencia a la localidad santafecina que fue epicentro de los acontecimientos y primera sede de la recién fundada Federación Agraria Argentina. En uno de los actos más multitudinarios del grito de Alcorta, Juan B. Justo participa como orador y dice entre otras cosas: "Sólo el Partido Socialista ha tenido hasta ahora algo que decir sobre la política agraria. El Partido Radical calla por completo a este respecto, limitándose a sus promesas de honradez y de moral. Un partido puede ser tan bueno como infecundo en la vaguedad de sus intenciones”.
En un famoso debate en 1913 con el futuro dictador José Félix Uriburu, por entonces diputado conservador por Salta, dirá: "Desde que tengo memoria he oído hablar de los partidos argentinos como de grupos que se decían de gente decente. Los socialistas hemos introducido en la política nacional esta novedad: no somos el partido de la gente decente; somos el partido de los trabajadores".
A lo largo de los años la perseverancia y la conducta coherente de Justo habían logrado la incorporación de valiosas figuras al socialismo como Nicolás Repetto, Augusto Bunge, José Ingenieros, Leopoldo Lugones, los hermanos Enrique y Adolfo Dickman, Alfredo Palacios y Mario Bravo.
El Partido Socialista obtendrá a partir de 1912 triunfos electorales sucesivos, superando en varias ocasiones al radicalismo. En 1913 logró su primera banca en el senado en la figura de Enrique del Valle Iberlucea.
En mayo de 1916, mientras salía del local de La Vanguardia junto a su amigo y compañero, el doctor Enrique Dickman, un desconocido se le acercó y le disparó un tiro. El disparo impactó gravemente en una de sus piernas. Con la herida todavía abierta y, tras recibir las primeras curaciones, se presenta en el Congreso y participa en el debate del día.
En 1918, frente a las protestas de los estudiantes de Córdoba que piden una profunda reforma universitaria, el Dr. Justo apoyará sus reclamos desde el parlamento.
Los graves hechos conocidos como la Semana Trágica de 1919, encuentran en Justo una vibrante condena y el pedido de investigación para los responsables de la represión policial y parapolicial. En ese mismo año viaja a Europa para participar de las reuniones de la Segunda Internacional en Berna y Ámsterdam como representante de todo el socialismo sudamericano. A su regreso, dicta tres conferencias sobre la Revolución Rusa que publica en un volumen bajo el título El momento actual del Socialismo, donde condena los métodos de los bolcheviques y llega a la conclusión que el modelo soviético no es viable para la Argentina.
En 1920, Justo se casa con la joven doctora Alicia Moreau -hija de refugiados franceses de la Comuna de París- veinte años menor que él, con quien tendrá otros tres hijos y compartirá su pasión por el socialismo y su interés por los temas médicos.
En las elecciones de 1924, a las que el radicalismo concurre dividido entre los personalistas, partidarios de Yrigoyen, y los antipersonalistas, partidarios del entonces presidente Marcelo T. de Alvear, Justo, a los 59 años, resultó electo senador por la capital. Uno de sus primeros proyectos fue el que solicitaba la separación de la Iglesia y el Estado, desatando una fuerte polémica con las bancadas radical y conservadora que se opusieron a que fuera considerado sobre tablas. Para 1926 el Partido Socialista contará con una bancada de 26 diputados nacionales y dos senadores.
El 23 de enero de 1927, Justo pudo ver cumplido uno de sus grandes sueños: inaugura la Casa del Pueblo, con su gran biblioteca, su salón de conferencias y sus aulas nocturnas dedicadas a la enseñanza de los obreros. Sería una de sus últimas alegrías, casi exactamente un año después, el 8 de enero de 1928, mientras pasaba una temporada de vacaciones en compañía de su esposa Alicia y sus hijos, en su quinta de Los Cardales, Juan B. Justo moría de un síncope cardíaco.
